Вот. Это произходит потому что когда мы коммитим гит-проект с субмодулями, то коммитятся из субмодулей конкретные коммиты (сорри за каламбур). И когда мы клонируем проект с рекурсией, то субмодули не в мастере сливаются, а с этими коммитами (хотя можно и конкретный бранч указать для субмодуля). В общем, в таких случаях перед работой в конкретном субмодуле требуется переключиться в мастер (или другую нужную ветку, если это не master).
git checkout master
Что нам делать в данном случае? Собственно, гит сам сказал что делать. Мы и сделаем:
1. Создаем бранч из коммита
git branch dev e15c969
2. Переключаемся в master
git checkout master
3. Мержим (сливаем) изменения
git merge dev
4. Выливаем на гитхаб
git push -u origin master
5. Заходим на гитзаб и убеждаемся что коммит вылит в мастер
6. Дропаем (удаляем) дев-ветку
git branch -D dev