Все, нашел. Оказывается, есть есть у него отдельная настройка. Видимо у тебя в системе все-таки 4 стоит по умолчанию, и он оттуда значение выдергивает. Но можно жестко задать.
Документация: https://prettier.io/docs/en/options.html
В https://github.com/p1aton/prisma-nextjs/blob/master/.prettierrc допиши настройку "tabWidth": 2 и попробуй еще раз. ОК должно быть.
Я в основной проект тоже добавил https://github.com/prisma-cms/nextjs/commit/2be91e33afc8d3f3485f807f4334624f2b68631f