Дима, привет!
В таких случаях не забывай еще прикладывать проблемный УРЛ.
В твоем случае с УРЛами ошибка вот в чем: ты создал файл /pages/city/[url].tsx, то есть вторая вложенность адреса у тебя - query.url, маска, то есть любая папка. Но адреса-то у тебя типа /moskva/@55.753215,37.622504,12, а не /city/@55.753215,37.622504,12, верно? То есть надо было так: /pages/[city]/[url].tsx, чтобы город тоже по маске распознавался.
Это во-первых. Во-вторых, у тебя на сайте еще не было во фронте GraphQL-запроса city($where), то есть даже если правильно маску прописал бы, все равно не работало бы.