Дима, привет!
>> Как из-под докера запустить их инсталяцию?
Я ранее уже говорил, что можно выполнять произвольные команды docker exec -it {container_name} {command}
То есть в твоем случае что-то типа docker exec -it pivkarta-2_1 yarn install
Но это сиюминутная мера. А правильней именно пересобирать контейнер.
docker-compose -f docker-compose.yml -f docker-compose.dev.yml up -d --build pivkarta.ru-2
Тогда все скопируется и установится по новой.
>> И еще одим момент: по какой причине git pull origin master может затягивать не последнюю версию
Накак. То есть он или стягивает, или не стягивает. Но опять-таки, у тебя скорее всего проблема в том, что в контейнере не все новые файлы. И это скорее всего решается опять-таки пересборкой контейнера.
Короче, выполни git log. Если у тебя локально все последние коммиты показывает, и git status не показывает никаких различий, значит локально у тебя все ОК и просто надо пересобрать контейнер.