Просто чтобы понимать: при создании контейнера, в него копируются указанные файлы (в Dockerfile прописано). То есть это как отдельный компьютер со своими файлами получается. При чем в нашем случае он не тянет из гитхаба, а именно копирует то, что на локале, что уже стянуто с гитхаба. Поэтому стянуть на лоал с гитхаба - это еще не получить файлы новые в контейнере. Но в дев-режиме для контейнера прописаны дополнительные виртуальные диски (volumes) https://github.com/Pivkarta/docker/blob/af08a8295e448d09438bad1faa3971eec5574df1/docker-compose.dev.yml#L20-L28
Вот эти папки в контейнере залинкованы на локальный диск. То есть при изменении локально, они соответственно и в докере измененные. Но как видишь, тут не с корня, а часть (хоть и бОльшая). Тем не менее, это не все файлы.