Нет, с индексацией проблем нет. Вот посмотри к примеру этот каталог: portfolio-home-ex-ru.fi1osof.modxcloud.com/catalog/
Он Ajax-овый, при это все ссылки — реальные. Просто на сервере логика хитрая. То есть любую ajax-ссылку можно открыть в соседней вкладке, и она будет вести на целевую страницу.
Но я имею ввиду именно те динамические элементы, которые не надо индексировать, то есть форму авторизации, личный кабинет и прочие плюшки, которые меняются для конкретного пользователя. Просто в классическом виде, когда пользователь заходит на страницу, для него могут выдаваться данные, которые актуальны конкретно для него. При этом сама страница может быть общая для всех. Так вот, все, что общее (саму страницу), после первого захода загонять в кеш и уже нгинксом отдавать при последующих заходах. А все индивидуальное — все через AJAX.
P.S. еще одно интересное AJAX-решение: omaxgames.fi1osof.modxcloud.com/ (попробуй скопировать адрес внутренней страницы и открыть в отдельной вкладке (вставив адрес, как будто первый заход)).