При закачке файлов по sftp не возникает проблем с правами/владельцем.
Вот про этот момент можно чуть подробней? От чьего имени работает веб-сервер, и от чьего имени вы по sftp работаете и есть ли какая-то автоматическая смена прав на файлы или типа того? И я так понимаю, идет связка nginx+fastcgi? Апач не используется? И все сайты не изолированы друг от друга? То есть если зайти в админку одного сайта, то через него можно добраться до любого другого сайта? (то есть не используется open_basedir или типа того? Про это я писал здесь.)
Пакет сделанный с modxcloud через vapor стал без проблем.
Использовали этот Vapor? И использовали входящий в него import.php, или просто устанавливали как обычный пакет через менеджер пакетов?