Работает nginx+php5-fpm. Апач не используется. В статье написано «запуск разных сайтов от разных юзеров». nginx работает под www-data. php-fpm под индивидуальным пользователем для каждого сайта. По sftp работаю так же под пользователем — владельцем папки с сайтом, т.е. для заливки файлов на разные сайты использую разные логины. Папка с сайтом — это домашняя папка пользователя. В sshd_config прописано ChrootDirectory.
Vapor этот. Устанавливал через управление пакетами. Сессия как обычно отвалилась, но все стало как надо. Делал несколько раз. Ни единого разрыва.