Точно потребуется система скидок в зависимости от акции (причем акций может быть одновременно несколькои на разные, заданные группы товаров: новинка, праздник, распродажа), суммы покупки, накопительных за период и индивидуальных для покупателей.
Можно сделать возможность выставлять какие-либо флаги (типа скидок, новинок) сразу на все товары в категории.
Можно предусмотреть систему учета спроса — пригодится для вывода лучших товаров и отчетов.
Не помешает заложенная система резервирования на складе — как при оплате, так и просто на время.
Еще можно было бы сделать возможность выставлять на продажу наборы, которые комплектуются из отдельных товаров, но имеют другую цену. Причем эти же товары можно приобрести отдельно. На складе фактически пусть учитываются именно товары, а наборы — типа виртуальных папок и формируются на лету, если есть все товары для набора.