домен/vapor/import.php%20package=core/packages/package1.zip
Неправильно делаете. import.php — он рассчитан чисто на консольное выполнение (а через морду с тем же успехом можно выполнять и через нативный менеджер пакетов). В консольном выполнении есть много плюсов, включая отсутствие проблемы обрыва сессий и т.п.
Правильно делать так: заходите по ssh, и выполняете в консоли php vapor/import.php package=core/packages/package-transport.zip