Пока еще не получилось детально изучить этот вопрос, но скорее всего причина в сбросе сессии по какой-то причине. В логе запись есть: [2013-10-03 17:38:39] (INFO @ /index.php) Removed modSession instance with primary key ve2bun933khrrnrcpilu70o0j3
А без сессии и текущей корзины нет.
Но я попробовал воспроизвести ситуацию, у меня проблема не проявилась. То есть я добавил 3 разных товара, перешел в оформление и все было на месте.
Скорее всего какой-то локальный сбой.