Игорь, это вопрос, касающийся в принципе основ серверного администрирования сайтов. На это полно информации в интернете. Приложите побольше усилий на то, чтобы найти готовую информацию в сети, а не делайте из нас помощников поисковых систем, пожалуйста.
У вас по умолчанию подмена на корень сайта. github.com/modxcms/revolution/blob/develop/ht.access#L12
А сайт вы положили не в корень. Вот и догадайтесь, что с этим сделать.