А какая у вас сейчас текущая версия? Если 2.1.0, то там почти ничего обновлять не надо. Просто устанавливаете модуль EdinayaKassa и настраиваете его. Все подробно расписано здесь.
Если версия более ранняя, то обновление до 2.1.0 подробно расписано здесь.
Плюс к этому можете сравнить файлы с гит-проектом.