Поставил и изучил пакет Peoples. Мне сразу показался подозрительным ваш первый запрос [[!Peoples? &where=`{"Profile.extended":"age":"31"}`]] и сейчас я точно знаю что он у вас неправильный в корне.
Peoples при выполнении так же формирует обычный xPDO-запрос (типа того, что я привел выше), и в качестве условия where принимает массив или JSON-строку. {"Profile.extended":"age":"31"} - это не правильная JSON-строка, при попытке разбора ее метод json_decode вернет пустое значение, то есть условие where не будет учтено в принципе, будут выведены все пользователи (точнее их юзернеймы, а не объекты пользователей). А условие &where=`{"id":31}` будет работать, но вернет только пользователя с id=31, если таковой будет иметься.
еще раз: изучайте xPDO, как бы сложно это не казалось. Пока вы не будете понимать xPDO, вы ничего не будете по настоящему понимать в MODX-е. И pdoTools вас не спасет, если вы не будете понимать xPDO, так как pdoTools так же основывается на xPDO, просто это синтаксический сахар.