Обновлять надо не сборку, а сам MODX. Если вы ничего в ядре MODX-а не трогали, то вы ничего не потеряете. В любом случае, здесь и всегда, прежде чем что-то серьезное на сайте делать, надо бекапы делать. А так загружаете новую установку MODX-а, копируете из нее все папки (включая setup) с перезаписью на сайт, заходите на ваш_сайт/setup/ и выполняете установку MODX-а в режиме обновления. Смотрите в сети полно информации про обновление MODX-а.