В 2.3+ сильно переработаны контроллеры MODX-а и система Действий (пунктов меню). Раньше были отдельно Действия и отдельно Пункты меню, в которых указывался ID выполняемого Действия (а в Действии в свою очередь прописывался путь к выполняемому контроллеру). А сейчас у них просто есть Пункт меню, в которых прописываются пути к контроллерам. В общем, сейчас основная проблема в том, что побиты пути к контроллерам.
http://myshop.ops/manager/components/basket/css/style.css
А вот это скорее всего просто не полностью сборка развернулась, так как этот файл там точно есть. Я вот тоже развернул на 2.3.1, и там этот файл есть и он не потерян.