Папку кэша не могу удалить а папки внутри кэша могу удалить.
Это может быть кажущийся эффект. Дело в том, что когда вы шлете запрос на удаление папки кеша, она удаляется и тут же скриптом опять создается, поэтому кажется, что папка никак не удаляется.
Все остальное - странность. Должно все работать и кеш должен тогда нормально очищаться. Не знаю тогда что у вас там происходит.