Попробуйте так сделать:
Перед вызовом пропишите $modx->setLogLevel(0);, а после $modx->setLogLevel(1);
Так вы закроете логирование ошибок именно в этом месте. Важно, чтобы после этого $modx->setLogLevel(1) было, чтобы дальнейшие ошибки логировались. И понадлюдайте недельку. Если ошибки в логах пропадут, значит точно в этом месте проблема, но это уже на стороне мускула однозначно. Может таблица лочится или типа того.