Проект: github.com/Fi1osof/ShopModxBox
Заходите по SSH на сервер, создаете папочку для гит-проекта и выполняете в ней git clone github.com/Fi1osof/ShopModxBox.git
Если ругнетс, что нет команды git, установите (на Debian-based осях это apt-get install git).
Можно и просто архив скачать (на странице проекта справа внизу кнопочка Download ZIP).
Далее просто надо оттуда скопировать и затереть 3 папки на сайте, какие, написал выше.
Так же имеет смысл обновить пакет modxSite и с гитом свести процессоры раз и два, так как я несколько оптимизировал процессоры в самом modxSite.