По поводу обновления до последней/прошлой версии: все-таки многое зависит от того, что вы переопределяли в своих расширенных процессорах и т.п. Напомню — бекапы рулят. К примеру, если вы редактировали процессоры самой сборки, то конечно же апдейт их затер. Ежели вы дописали какие-то свои дополнительные процессоры, то ничего не должно было с ними случиться.
Это обновление будет происходить в будущем?
Обновления в будущем конечно же будут появляться, но повторюсь: во-первых, и от вас будет многое зависеть. Во-вторых, и мы будем стараться, чтобы обратная совместимость улучшалась.
И почему для него нельзя задействовать пакеты, чтобы обновил все до новых версий в управлении пакетами — и радуешься?
Для чего-то есть пакеты, а для чего-то нет. К примеру, пакет modxSite можно с большой долей вероятности накатывать через управление пакетами. Его родные процессоры в папке processors/site/ лежат, а доппроцессоры сборки лежат в processors/web/. processors/site/ не рекомендуется трогать вообще никогда, ибо затрется при обновлении. А в processors/web/ можете менять при необходимости, но если хотите накатить обновления — проверяйте внимательно.
Почему не все в пакетах и не все универсально — у всего есть две стороны медали. Универсальность/гибкость/производительность — это примерно как быстро/качественно/дешево.
По поводу шаблонов: если хотите, можете полностью делать копию основного шаблона и работать только с ней. Но лучше все-таки работать с допскинами. При чем если вы хотите максимально снизить риски, но получить преимущество обновлений, вы можете сделать копию основного шаблона и добавить свой кастомный скин поверх, расширяющий основной шаблон. А когда будут выходить обновления, вы уже сами будете решать какие изменения в основной шаблон накатывать, а какие нет. Но, как я и говорил, обновления в основной шаблон сейчас будут добавляться очень осторожно, с сохранением основных блоков и т.п.