1. Установил пакет modxSite (он сразу тянет и настраивает phpTemplates, modxSmarty и т.п.).
И еще shopModx установил.
Там, конечно же, еще надо некоторые неймспейсы добавить и настроить их где надо (billing, basket и т.п.), но если изначально сайт на ShopModxBox был, то этого делать не приходится.