Добрый день.
1. Хорошо бы все-таки скриншоты прикладывать, так как не ясно где у вас нормальные отступы, а где нет.
2. 99% надо править CSS, если у вас оформление правильно сделано на CSS.
3. Не злоупотребляйте высотами в стилях. Зачем вам, к примеру, min-height: 1340px для центрального блока? Или 140 высота для шапки? Высоты должны в большинстве случаев автоматически подстраиваться по высоте содержимого. Хотите отступ дать сверху или снизу — используйте padding. В общем, HtmlBook вам в помощь!