1. Создаешь копию боевого сайта, выполняешь как тебе кажется, и смотришь работает или нет. Если работает, то делаешь это же и с боевым (не забываем про бекапы).
2. Просто обновление БД не поможет, так как если ли бы чанки не были статическими, код их брался бы из бд, а так берется из файлов, так что таким чанкам файлы нужны, а не записи в БД.
3. git в помощь!