Tutorial: Установка собственного скина на ShopModxBox

В вашем случае, если у вас не будет использоваться на сайте bootsrtap, лучше сделать полную копию шаблона shopmodx (и в core, и в assets), и его уже переделывать под себя, так как у вас скорее всего будет сильно HTML-верстка изменена.