Так обновляйся. Если сюда не лазил, то никаких проблем с обновлением не должно возникнуть.
Можно вот так попробовать обновиться (не забывая про бекапы):
1. Делаешь на сервере клон проекта или просто zip-архив качаешь его.
2. Переносишь родные шаблоны shopmodx из assets/components/modxsite/templates/ и core/components/modxsite/templates/ в depricated в соответствующих папках, а на их место заливаешь новые.
3. Обновляешь перечисленные в топики пакеты через управление пакетами.
Всё. Я сейчас даже на MODX2.2 старый магазин обновил полностью с гита, ничего не переключая, все без проблем заработало. Только меню чуть поехало, так как в чанках верстка под второй бутстрап, а тут третий, но это лечится за 5 минут.