Народ, спасибо за багрепорт! Бага в самом MODX-е, я ее пофиксил, сейчас только еще разберусь почему она появилась, хотя раньше ее не было (подозреваю что данные расширяющих пакетов кешироваться стали с неправильным путем). Чуть позже отпишусь.
По поводу того, что все работает: ничего удивительного. Там два метода подгрузки extension-пакетов, и вот один с ошибкой идет, а второй уже нормально подгружает модули. Поэтому и логи есть, и сайт работает.