Можете и имеющиеся источники файлов подключать. Вообще первоначальная идея не до конца реализована, и сейчас пока он больше используется только как редактор кода в админке. А различные источники файлов в нем просто для удобства, чтобы не искать долго нужные папки. К примеру, если установите пакет modxSite, то у вас сразу и медиасурс Controllers будет — можно не искать его а просто подключить и все.