программно не нашел настройки, а в css эта строчка (833):
файл этот: /assets/components/modxsite/templates/shopmodx/vendor/AlertifyJS/build/css/alertify.css
Файл этот импортируется в styles.less.
P.S. напоминаю, что практически все скрипты и стили собираются gulp-ом.