bezumkin.ru/sections/php/63/
bezumkin.ru/sections/php/170/
Вам ни что не мешает создать обычный php-файл, проинициализировать в нём modx и работать с ним (modx'ом), пользуясь стандартным api (в т.ч. процессорами).
А для этого php-файла можно выставить свои настройки таймаута или запускать его по крону.