1. Бэкапы рулят. Обязательно делаем бекапы.
2. Надо не комментировать, а добавлять в исключения.
Есть перечисление всех xPDO-классов, которые будут в снимок фигачиться.
А есть массив исключаемых классов. Вот туда и надо добавить исключаемые классы. А если просто закомментировать их в перечислении, то они не объектами перенесены а просто дампами таблиц, так что все равно на целевом сайте все будет затерто для них.