Вам ни что не мешает создать обычный php-файл, проинициализировать в нём modx
то придется уже инстанс modX запускать, а вот там уже инициируется все до кучи, в том числе несколько классов, все расширения (extentionPackages), сессия и пользователь.
Имеющийся в MODX CLI-режим практические ничего не облегчает. Там все инифиируется в полном объеме на уровне создания инстанса объекта. Потому выносить в отдельный файл — это вообще никак не отличается от использования стандартных коннекторов и процессоров, за небольшим исключением — коннектор проверяет права на выполнения и формирует ответ. Эту мелочь можете облегчить, но придется самому дописывать, если что-то понадобится. ИМХО такой финт вообще ни к чему, овчинка не стоит выделки.
А вот в своем коннекторе уже можно прописать таймлимиты.