все верно. str_replace — это не функция mysql — отсюда и ошибка.Фукция innerJoin генерирует SQL-код. А туда нет доступа php. Я вижу пока только тот вариант, что описал — нужно наличие поля, в котором значения разделены запятой.
Где-то тут на сайте я видел статью о плагине, который перехватывает сохранение документа и делает необходимые преобразования. Его можно взять за основу.