Так вы покопайте глубже и разузнайте каким образом мускул выбирает нужный индекс. С большой долей вероятности он какую-то выборку данных для этого делает чтобы понять какой индекс лучше подходит. На хабре когда-то статья была, в которой чел писал, что мускул не всегда выбирает наиболее правильный индекс. Это может означать только то, что механизм выбора довольно сложный и не однозначный.