[2013-06-07 13:43:19] (ERROR @ /connectors/browser/file.php) Could not prepare context: msgr
Это как раз правильная ошибка. То есть кто-то пытался простучаться по этой уязвимости, но MODX не смог проинициализировать фейковый контекст, и записал ошибку в лог. Но при этом дальше выполнение коннектора/процессора должно быть бессмысленно, так как объект $modx->context после такой ошибочной инициализации просто отсутствует, и тот же вызов метода $modx->hasPermission() просто развалится фатальной ошибкой пыхпыха. Нет у меня уверенности, что это правильно (я предлагал вообще неудавшуюся попытку инициализации контекста разваливать ошибкой 500, как это происходит при неудавшейся инициализации самого MODX-а), но все равно поверхностно выглядит так, как будто дырку все-таки залатали. А письма приходят — скорее всего вы успели заразу поймать раньше. Затрите MODX новой версией прям поверх текущего сайта и проверьте имеющиеся сниппеты и плагины. Не лишним было бы переустановить все пакеты в системе.