Я на modxcloud.com все свои сайты держу. Во-первых, все сайты абсолютно отделены друг от друга (взломав один сайт, не залезешь ни в базу, ни в файлы другого). Во-вторых, обновление или переустановка MODX-а в два клика выполняется. В-третьих, оперируешь не полными копиями сайта, а снимками, которые не несут в себе ядро, а только пользовательские эддоны. В итоге ядро четко отделено от пользовательской части сайта, и если зараза и сидит где-то плотно, можно частями сайты перетащить на новый двиг, полностью проверив все составляющие. Vapor и packMan в помощь.
А с modxSDK я вообще сейчас только в админке и программирую, так что вообще не парюсь с настройками доступов (FTP и т.п.).