Это старая и темная бага MODX-а, ее уже не раз обсуждали.
1. Сделайте бэкап сайта
2. Выполните в консоли код:
<?php $q = $modx->newQuery('modExtensionPackage'); $q->command('delete'); $s = $q->prepare(); // print $q->toSQL(); $s->execute();
3. Удалите папку core/cache/
Это должно решить проблему с (ERROR @ /index.php) Could not load class: shopModx from shopmodx.
А вот Could not load class: Order from mysql.order. — вот это уже скорее всего не полностью установился движок магазина. У вас сервер нормальный линуксовый или на локалхосте виндовом?