Разработка сайтов на MODX Revolution + phpTemplates + modxSmarty

просто показывалась страница 404 (она же с id=1)

это лучше сразу настроить.
 

Имеется 2 шаблона и два ресурса. выводятся разные tpl

Если посмотреть код контроллера base.php, то увидим:
 

if(!empty($properties['tpl'])){
    $tpl = $properties['tpl'];
}
else{
    $tpl = 'index.tpl';
}

return preg_replace("/[ \n\t\r]+$/sm", "\r", $modx->smarty->fetch("tpl/{$tpl}"));

т.е. если не указан параметр tpl в шаблоне, то берется index.tpl из каталога tpl
 В админке это выглядит так.
 