Массовая чистка дубликатов УРЛов

Да, резонное замечание. Здесь проверка дублей отдается самому классу modResource, а он не учитывает эту настройку. Но если вы хотите учесть дубликаты только в рамках одного контекста, вы можете передавать его вторым параметром: $doc->isDuplicateAlias('', $doc->context_key);
 Тогда проверка дублей будет только в рамках контекста документа.
 

Кстати, в методе modResource::duplicate именно так и делается:
 

$dupeContext = $this->xpdo->getOption('global_duplicate_uri_check', $options, false) ? '' : $newResource->get('context_key');
if ($newResource->isDuplicateAlias($aliasPath, $dupeContext)) {
    $alias = '';
    if ($newResource->get('uri_override')) {
        $newResource->set('uri_override', false);
    }
}