Все, поправил. Проверяйте. Особенно бесплатные ном

Все, поправил. Проверяйте. Особенно бесплатные номера http://nomerok.ru/krasiviy-nomer-besplatno.html (что-то у меня сомнения, должно ли там быть столько много номеров).

Но в целом у вас там, конечно, все очень плохо. Для обычных запросов один сниппет, для Ajax - другой. Куча всяких параметров, разбросанных по двум тысячам строк. Это все вообще не правильно. Вот, к примеру, условие для обычных запросов:
http://joxi.ru/brRDO4pfJ4bgx2

А вот для Ajax:
http://joxi.ru/4Ak3wb9ty54vvA

Почему в одном случае есть условие по маске, а в другом нет? Вот, в итоге, и поведение такое, что при заходе на страницу с маской поиска в адресной строке выполнялся поиск, а далее при Ajax-запросах нет. Раньше у вас это работало, потому что задублировано все было в два сниппета отдельных, а сейчас логика объединена в один сниппет. Но косяки лезут и скорее всего еще будут, потому что у вас по 500 строк в блоке 
if($get['action'] == 'searchNumber' || $id == 53 ||(isset($mask)&& trim($mask)!='')){....
и еще 500 в else.

Так не должно делаться. Должно быть единое формирование запроса со входящими параметрами типа $operator_id, $max_cost, $min_cost и т.п. А у вас там что? 
if($get['action'] == 'searchNumber' || $id == 53 ||(isset($mask)&& trim($mask)!='')) {
   $mask = (is_numeric($_REQUEST['mask'])) ? $_REQUEST['mask'] : maskFormat(strtolower($_REQUEST['mask']));
        unset($sql);
        unset($result);
        unset($re);
        unset($arr);
        unset($prices);
	        
    $prices = array();
    $codes = array();
    $count = 0;
    if($id!=53 && (isset($mask)&& trim($mask)!='' && isset($type))) {
       $type = $type;
    }else{
       $type='all';
    }
    
    $cost_from = !empty($cost_from) ? $cost_from : 0;
    $cost_to = !empty($cost_to) || $cost_to === 0 ? $cost_to : 9999999;
Что это за солянка из кучи запросов, включая глобальные переменные? 

А формирование запросов? 
if($id==53){
    
    $sql="
    SELECT * FROM `modx_numbers` 
    where 
    cost_sale=-1 
    and cost=0 
    AND tip_nomera=2
    {$sql_ord}
    
    UNION ALL 
    
    SELECT * FROM `modx_numbers` 
    where  
    cost_sale=0 
    AND tip_nomera=2
    {$sql_ord}";
    
    
}else{
    
    
    $sql="
    SELECT * FROM `modx_numbers` 
    where 
    cost_sale=-1 
    
    and cost<{$cost_to} 
    AND cost>= {$cost_from}
    
    {$sql_type}
    {$sql_ord}
    {$op}
    UNION ALL 
    
    SELECT * FROM `modx_numbers` 
    where  
    cost_sale<{$cost_to} 
    AND cost_sale>= {$cost_from}
    
    {$sql_type}
    {$sql_ord}
    {$op}";
}
Что это? Почему вы работаете на MODX с программистами, которые не слышали про xPDO и пишут запросы на чистом SQL? 

Но и это еще не предел. Предел вот это:
$sql="

SELECT * FROM `modx_numbers` 
where operid={$oper_id} 
AND cost_sale=-1
and cost<{$cost_to} 
AND cost>= {$cost_from}
{$sql_type}
{$sql_ord}


UNION ALL 

SELECT * FROM `modx_numbers` 
where operid={$oper_id} 
and cost_sale<{$cost_to} 
AND cost_sale>= {$cost_from}
{$sql_type}
{$sql_ord}
{$sort}
LIMIT {$offset}, {$limit}

";

$result = $modx->query($sql); 

$sql="
SELECT count(*) FROM `modx_numbers` 
where operid={$oper_id} 
AND cost_sale=-1
and cost<{$cost_to} 
AND cost>= {$cost_from}
{$sql_type}
{$sql_ord}

UNION ALL 

SELECT count(*) FROM `modx_numbers` 
where operid={$oper_id} 
and cost_sale<{$cost_to} 
AND cost_sale>= {$cost_from}
{$sql_type}
{$sql_ord}
";
Зачем он для подсчета количества найденных строк использует полный дубль запроса??? Запихнул бы уже тогда параметры * и count(*) в переменные, и вставлял в запрос-заготовку.

В общем, совсем не удивляйтесь, что столько времени ушло. Я взял с вас денег за полтора часа, а потратил часов десять. И за оговоренный функционал доплату не попросил. Другой бы вообще давно потерялся бы и все.