Чтобы TinyMCE не вырезал неизвестные ему теги,
в файле assets/components/tinymcerte/js/mgr/tinymcerte.js
после строки
this.cfg.file_browser_callback = this.loadBrowser;
надо поставить
this.cfg.valid_elements = '*[*]';
Однако в этом случае редактор оборачивает их в <p>
PS. решение предложено здесь -
https://modx.pro/help/9237/
В системных настройках есть такая опция, см. там же.