Заповедь для параноиков: указывать сложный table_prefix при установке MODX

775 для папок и 664 для файлов. Можно 755 и 644 соответственно.

Но лучше, чтобы не делать в слепую и понимать, советую разобраться с правами доступа в linux. Материала в интернете море.