В своем конечном процессоре в методе initialize пропишите
parent::initialize();
print '<pre>';
print_r($this->properties);
return true;
и посмотрите с какими параметрами в итоге инициируется процессор. Если какие-то сортировки добавлены после этого, то в большинстве случаев это косяк.
Пропишите отладку и в методах prepareQueryBeforeQuery и prepareQueryAfterCount, а так же в setSelection, если он есть. Я ничего не могу так сказать, точек костыльных вхождений очень много. Я в своих процессорах не переопределяю логику MODX-процессоров относительно параметров сортировки, так что по умолчанию все должно работать как есть.
Можете попробовать крайний случай. В prepareQueryBeforeCount выполнить $this->unsetProperty("sort"); $this->unsetProperty("dir"); и прописать свою сортировку непосредственно в объект запроса в методе prepareQueryAfterCount.