Warning Byte-Order Mark found in UTF-8 File.
The Unicode Byte-Order Mark (BOM) in UTF-8 encoded files is known to cause problems for some text editors and older browsers. You may want to consider avoiding its use until it is better supported.
как решить проблему, ссылка на проверку validator.w3.org/check?uri=http%3A%2F%2Fjtl.by%2F
Использовать кодировку файлов UTF-8 without BOM.
где это установить в настройках? там просто UTF-8
Это не в настройках, и никакого отношения к самому MODX не имеет. Это вопрос кодировки файлов. Гуглите интернеты. Где-то вы файл создали с UTF-BOM. На словах не расскажу как это лечится. Ищите в интернетах.
P.S. вот уж я не стал бы с этим валидатором заморачиваться.
если проверяем html будут ли проверяться другие файлы?
в шаблоне прописана строчка. загружаться кодировка из системы.